Theo đó, quy trình hoàn thuế thu nhập cá nhân tự động quy định trình tự, thủ tục các bước để cơ quan thuế thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế thu nhập cá nhân của cá nhân trực tiếp quyết toán thuế có đề nghị hoàn trên tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân.

Nội dung quy trình hoàn thuế thu nhập cá nhân tự động hướng dẫn các bước tạo và tiếp nhận tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân gợi ý có đề nghị hoàn của người nộp thuế; giải quyết hoàn thuế thu nhập cá nhân tự động; kiểm soát sau hoàn thuế thu nhập cá nhân. Quy định 108 nêu rõ việc hoàn thuế thu nhập cá nhân tự động được thực hiện qua ba bước chính:

Bước 1 là tạo và tiếp nhận tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân gợi ý, hệ thống tự động tổng hợp dữ liệu từ tổ chức trả thu nhập, cá nhân và cơ sở dữ liệu thuế để tạo tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân gợi ý. Người nộp thuế kiểm tra thông tin trên ứng dụng eTax Mobile, có thể xác nhận hoặc chỉnh sửa trước khi nộp hồ sơ.

Bước 2 là giải quyết hoàn thuế tự động, hệ thống đối chiếu dữ liệu để xác định điều kiện hoàn thuế, kiểm tra số thuế đã nộp và tài khoản nhận hoàn thuế. Nếu đủ điều kiện, hệ thống tự động lập và ký điện tử quyết định hoàn thuế.

Bước 3  là kiểm soát sau hoàn thuế, cơ quan thuế sẽ kiểm tra lại hồ sơ sau khi hoàn tất thủ tục, đảm bảo tính chính xác và hạn chế gian lận.

Theo Tổng cục Thuế , việc triển khai thực hiện hoàn thuế thu nhập cá nhân tự động là một trong những ứng dụng mới, cách làm mới mà ngành thuế đang đẩy nhanh quá trình ứng dụng trên nền tảng ứng dụng công nghệ thông tin để tạo thuận lợi nhất cho người nộp thuế chủ động thực hiện nghĩa vụ thuế bởi hoàn thuế thu nhập cá nhân không chỉ là quyền lợi mà còn là trách nhiệm của người nộp thuế.